Importanti riconoscimenti e premi hanno valorizzato le attività realizzate negli anni dalla Fondazione Giovanni Paolo II Onlus, tra cui:

2011 – Segnalazione al Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali da parte del Comune di Bari del Centro di Ascolto per le Famiglie Torre a Mare e del Progetto interculturale Cacciatori di Aquiloni come buona prassi nell’ambito delle politiche di integrazione socio culturale per famiglie straniere.

2010 – Riconoscimento del Dipartimento per le Politiche Sociali della Presidenza del Consiglio dei Ministri per l’attività del Centro di Ascolto per le Famiglie Japigia - Torre a Mare in quanto servizio alla famiglia di particolare significato e meritevole di menzione nell’ambito del “Premio Amico della Famiglia 2009".

2006 – Individuazione del Centro Territoriale per le Famiglie San Paolo - Stanic come buona prassi nel contesto di Bari e provincia da parte del Formez Puglia nell’ambito dei seminari di progetto“I cantieri dell’innovazione sociale nella provincia di Bari”.

2001 – Riconoscimento come buona prassi da parte dell’istituto degli Innocenti di Firenze per il progetto di accompagnamento alla maternità "Stelle Nascenti" nell’ambito del Centro Territoriale per le Famiglie San Paolo – Stanic.

1997 – “Premio Nazionale della Solidarietà” istituito dalla Fondazione Italiana per il Volontariato.